В XIX веке на этой территории располагался фруктовый сад городского спонсора, Аннаева. Спустя какое-то время сад перешел к купцу Борщеву, также известному жителям старой Самары. Именно при нем территорию стали засаживать экзотическими видами флоры со всего мира. К примеру, из северной части Америки были привезены и посажены редкие голубые ели в количестве трех штук.
В качестве сооружения, значимого для науки, сад был основан в начале тридцатых годов прошлого столетия. В эти года начинается активное развитие сада:
В 1941-1945 годах пришлось вырубить лесную часть сада. На один гектар уменьшилась численность растений для научных исследований и в итоге была, практически полностью потеряна, как рабочий материал. Вся остальная часть территории была отдана жителям, чтобы те разбили на ней огороды.
В послевоенные годы, вплоть до 1961 года проводилась ремиссия сада. В этот период заново коллекционируются и сооружаются питомники, ведутся обмены коллекциями с садами, как внутри государства, так и за его границами. Одновременно с этим, руководство сада получило от городского исполнительного комитета документ, обеспечивающий право владеть этой землей бессрочно.
В 1954 году построили первый альпинарий, на котором начали разводить виды, доставленные из Кавказских, Карпатских и Жигулевских гор.
В шестидесятых годах сад переходит к СГСПУ и в 1964 году заслуженно занимает место в Совете ботанических садов.
В семидесятые годы по соседству начинают возводить многоэтажные здания. На базе Самарского сада формируется зона для отдыха.
В 1975 году над садом берет патронаж Государственный Университет города (СамГУ).
Коллекция флоры сада включает в себя свыше трех тысяч видов. Из них почти тысяча приходится на представителей низкорослых и высокорослых растений.
С момента самого основания и до настоящего времени Самарский ботанический сад поддерживает контакты с приоритетными садами мира.
В наше время территория является не только научной и учебной территории для указанного выше университета. Многие учреждения, такие как СГСПУ, СамГМУ, СМК им. Н. Ляпиной и сельскохозяйственные техникумы организуют там учебные и производственные практики.