История основания монастыря уходит корнями в девятнадцатый век. Тогда, в 1850-м году зародилась женская православная община, которая пять лет спустя получила утверждение от императора. Община вполне успешно развивалась, и еще через пять лет (в 1860 году), постепенно превратилась в монастырь. Под его крышей уже в первые годы ХХ века нашли приют более четырех сотен послушниц и монахинь. Тогда же при нем работала школа, небольшая больница и несколько мастерских, в которых изготовляли всевозможные вещи, например, знаменитое Самарское знамя.
Для богослужений в комплексе было три монастырских храма, где хранились самарские святыни:
Монастырское кладбище к тому времени стало местом упокоения почти тысячи человек, а сам монастырь стал определяющей достопримечательностью города.
С приходом советской власти он просуществовал определенное время в качестве швейной артели, но затем оттуда изъяли все мало-мальски ценные вещи, а в 1925-м году закрылось и то, что оставалось.
В начале следующего десятилетия взорвали Успенскую церковь при монастыре, бывшим вторым по величине храмом в Самаре. На месте церкви возвели жилые дома. Разрушили также и колокольню, корпуса, погост и ограду. Уцелевшие сооружения взяли для своих нужд различные организации, и некоторая часть построек была передана под жилье для рабочего класса.
Реставрация началась уже в 1992 году. Тогда приходу РПЦ власти передали все храмы, которые смогли сохраниться, а также уцелевшие здания. Весь комплекс был признан памятником архитектуры областного значения. Храмы были отреставрированы, колокольня восстановлена. Кроме того, к комплексу добавился храм-часовню, а в некрополе были проведены тщательные спасательные работы.
Сегодня это действующий монастырь. При нем работает приходская библиотека и мастерские. Спустя семь лет после реставрации в монастырь нанес визит патриарх Московский. В 2001 году в усыпальницу были помещены мощи святого блаженного, чтимого местными жителями.